En el año 1943 se empezó la construcción del I.E.S. San Isidro, por la Obra Sindical 'Colonización'. Si bien hasta 1947 no daría comienzo su cometido docente para el que fue creado. Se le dio, como al resto de Centros homólogos, el nombre de Granja-Escuela-, y su cometido docente fue el de completar la acción del Instituto Nacional de Colonización en la transformación en regadío de las tierras de cultivo de la comarca talaverana, para ejercer una acción formativa agraria en los colonos de las tierras transformadas. También fue centro productor de moreras para su distribución al exterior y centro de cría de gusanos de seda.
Con estos criterios, y en colaboración con Organismos Nacionales, Provinciales y Locales, se organizaron una serie de cursillos monográficos sobre distintos temas agrícolas y ganaderos de duración variable, oscilando éstos entre 15 días y tres meses, según las materias impartidas. Este tipo de enseñanzas, a en la modalidad de cursillos, se mantuvo en la Granja-Escuela desde 1947 hasta 1956.
En el año 1951, en virtud del Decreto de fecha 7 de septiembre, el Ministerio de Agricultura, considera llegado el momento de normalizar y coordinar este tipo de enseñanzas, y dicta las normas para que dieran comienzo las enseñanzas de Capataces Agrícolas, ya con una duración de 2 cursos académicos.
De acuerdo con lo establecido en el citado Decreto, el día 2 de junio de 1952, da comienzo la primera promoción de Capataces Agrícolas, apoyada por el Ministerio de Agricultura, mediante consorcio establecido con la Dirección General de Coordinación, Crédito y Capacitación Agraria. Si bien esta denominación de Capataces Agrícolas, cambiaría más tarde por la de Jefes de Explotación, en virtud de disposiciones del año 1964.
En 1957 dieron comienzo los cursos de Capataces Mecánicos-Agrícolas, de un sólo curso académico.
En 1960 se comienza la programación y preparación del personal docente, para la impartir los cursos de Formación Profesional Acelerada Agrícola (FPA), de tres meses de duración, dando como resultado la puesta en marcha, en diciembre de 1962, del primer curso de Maquinistas Agrícolas. Posteriormente se amplió esta oferta de FP a las especialidades de Ganadería (1965) y Fruticultura (1969).
Las enseñanzas no regladas en las modalidades descritas, se imparten de forma ininterrumpida hasta 1977 en que tras su homologación como Centro de Formación Profesional Agraria, dan comienzo en la Granja Escuela, las enseñanzas Regladas de 1º y 2º Grados de F.P., en el curso académico 1977-78.
Se han impartido además, 7 cursos de formación Profesional Ocupacional en colaboración con el Ministerio de Trabajo y Seguridad Social (Plan FIP), durante los años 1986 y, 1987.
La dependencia administrativa del IES San Isidro fue, originariamente, de la Organización Sindical-Obra Sindical 'Colonización"; después de la Administración Institucional de Servicios Socioprofesionales (AISS); más tarde, del Ministerio de Trabajo, Instituto Nacional de Empleo (INEM) y después pasó a depender del Ministerio de Educación y Ciencia, por transferencia efectuada por Real Decreto 2.734/1983 de 28 de julio (BOE de 29 de octubre).
Al inicio del Curso 1993-94 se implantó, de manera anticipada y voluntaria la LOGSE con el curso 3º de E.S.O. y se suprimió 1º de FP 1. En el curso 1994-95 se implantó 4º de E.S.O., suprimiendo 2º de FP 1, y en el Curso 1995-96 se implanta 1º de Bachillerato en las especialidades de Humanidades y, Ciencias Sociales y Ciencias de la Naturaleza y de la Salud, aunque no desaparece 1º de FP II, manteniéndose la Formación Profesional de 2º Grado en sus dos ramas: Agropecuaria y Agroalimentaria. Por último, en el curso 96-97 se implanta el 2º curso de Bachillerato, a la vez que desaparece el 1º curso de 2º Grado de F. P,
En el curso 2002-03 comienza a impartirse el primer ciclo de E.S.O. y desde ese momento hasta el curso actual comenzamos la transformación de las enseñanzas básicas de la ESO.